南通市教师发展学院内设三个职能部门，即办公室、培训部、项目部。

1、办公室主要职责：

负责协调党建、政务、事务，负责会务及接待工作；负责工作总结、计划以及综合性文稿的起草、报送；负责公文、报刊信件收发、印鉴的管理；负责组织人事工资管理；负责后勤物资及办公用品的采购、保管、供应；负责制定财务管理制度和工作规范，年度财务收支预算的编制和决算工作，办理各项经费支出结算，编制财务报表，负责财务档案的整理建档和固定资产明细账单；负责日常绩效管理、目标考核管理、政风行风建设；负责单位的网站建设与计算机管理；负责环境卫生和绿化；负责车辆和驾驶员的管理；完成领导交办的其他工作。

2.培训部主要职责：

负责全市中小学教师继续教育、教育行政干部培训的业务管理，负责干训、师训项目的申报工作，参与中小学教师继续教育和发展规划工作，指导并协助市教育局管理全市中小学学校的校本培训；加强对区域内市（县、区）级教师发展中心的指导，开展教师队伍建设的第三方监测工作，对教师培养培训、师资队伍建设水平等方面作出定性定量的评价，提升教师培训工作的科学性、规范性、针对性、实效性；完成领导交办的其他工作。

3.项目部主要职责：

负责国家级、省级、市级教师教育的课题研究工作；推广名师先进教育教学经验和优秀教育教学成果；创造性地开展通派教师和校长的专业成长工作；协助市教育局开展直属学校教师交流工作，协助市教育局做好教师资格认定、教师资格定期注册、教师职称评审、优秀人才评选等工作；协助市教育局做好师德师风工作；完成领导交办的其他工作。